对于九宫庙的由来问题，一些人从“九宫”入手调查，产生了一些推断与猜测。

有的人说，“九宫庙”可能与我们平常耳熟能详的“九宫八卦”有联系。“九宫”用法多端，汉代时有“九宫占”、“九宫术”、“九宫算”、“九宫八风”、“太一下行九宫”、“太一坛”等，是于占、术、算、医、纬、建等方面的应用。所以，“九宫庙”或许是当时按“九宫”之法建立。

九宫图

还有一些人从“庙”的定义出发，生出了不同的看法。

有的人说，庙在古代原本是供祀祖宗的地方，那时对庙的规模有严格的等级限制，“太庙”是帝王的祖庙，其他凡有官爵的人，也可按制建立“家庙”。汉代以后，庙逐渐成为祭祀圣贤神灵处所，如孔庙、武侯庙、关帝庙、土地庙等。而我国古代以“九”和“五”象征帝王的权威，庙名“九宫”应该事出有因……

更有传说，当时为灵岩寺期间，突然进来九只乌龟，驻足大殿不愿离开，并因此得名九龟庙，后来才改名为九宫庙。

传说的真实性有待考证，但九龟庙的名字却是确有其事，有人拿出了很有说服力的证据。上世纪五十年代，他曾在一本老版本的《巴县志》上看到关于九宫庙的由来并记录了下来。

清嘉庆（注一）庚辰（注二）巴县志云：“城西南三十里，智里四甲，高四十丈，悬崖嵌空有九石，形似龟，四时常润，如欲行状，乃修真武殿压之”。取名“九龟庙”。清末改为九宫庙，又名灵岩寺，取神龟显灵之意。

注一：嘉庆：仁宗帝。

注二：庚辰：1820年。

他告诉记者，这段文字是从一本老版的《巴县志》上摘抄下来的，书里有一个章节是专门关于大渡口区各个寺庙由来的记录，不过，对于九宫庙的记录很少，仅有100多字，对此非常感兴趣的他就干脆用笔一字不漏地誊抄了下来。

这段文字说的是：从南纪门到“九宫庙”有30里距离，庙下面是悬岩，悬岩高有120米（四十丈）。当年在这个悬岩上有九块像乌龟一样的石头，一年四季都是湿润的，看起来像马上就要行走的样子，于是就修了真武殿压在上面，取名“九龟庙”。清末改为“九宫庙”，后又取名“灵岩寺”，取神龟显灵之意。持有这种观点的人们认为，根据这个记录，“九宫庙”距今至少有约两百年历史了。而且古时便有“神龟辟邪”的说法，所以九宫庙应该是老百姓为“辟邪”而建。

古时便有“神龟辟邪”的说法